Über die Geschichte der Mühle Prautitz ist nicht viel bekannt. Da der Ort Prautitz seit 1225 immer ein eigenständiger landwirtschaftlicher Besitz war, ist selbst in der Chronik des Klosters Sankt Marienstern nichts über die Mühle zu finden. Das jetzige Mühlengebäude wurde 1858 von Müllermeister Michael Horbank erbaut. Die meisten der heutigen Maschinen in der Mühle sind von der Firma GROSSE welche die Mühleneinrichtung 1948 geliefert und eingebaut hat. Bei Umbauarbeiten wurde 1968 an der Sole der ehemaligen Wasserradstube in 3,5 m Tiefe ein großer Granitmauerstein mit der Innschrift  „1717“ gefunden. Die Mühle Prautitz befindet sich in der 5. Generation im Besitz der Familie Horbank. Durch den Umsatzrückgang nach der politischen Wende 1989 wurde die schon vorher vorhandene Forellenzucht intensiviert und im Jahr 1993 mit dem Angelteich erweitert.